O Conselho Fiscal serve como um órgão de fiscalização financeira da Igreja. Cabe ao conselho examinar os relatórios de balanço financeiros elaborados pela Tesouraria e oferecer, sempre que possível, soluções para manter o equilíbrio financeiro das contas da igreja.

O conselho também pode dar parecer quando é necessário novos investimentos na igreja, como aprovação de projetos de reforma e construção.

É formado por 5 membros ativos da PIB São Miguel Paulista sendo eleitos anualmente em Assembleia Geral.

Para o biênio 2016/2017, o Conselho Fiscal é composto por: Oznir Deodato, Neilton Almeida Soares, Marcos Rogério Marzola Celso, Marilene Gonçalves Silva Feitosa, Andreza Maria de Souza Rocha.